Nick222, в общем случае можно из каталогов
/etc/apt/sources.list.d
/etc/apt/trusted.gpg.d
/etc/apt/keyrings
вынести не Ubuntu'вское изкоробочное,
/etc/apt/sources.list почистить, если есть, от лишнего (обычно добавляются в конце).
Потом пересмотреть вынесенное и заново добавить нужные репозитории (не копированием обратно, а как обычно).
Потом запустить "sudo apt update && sudo apt upgrade" и посмотреть, не ругается ли apt на какие-то старые ключи (те, что были дописаны в /etc/apt/trusted.gpg как раньше, вместо отдельных файлов в /etc/apt/trusted.gpg.d или /etc/apt/keyrings).
Файлы *.save в /etc/apt/sources.list.d можно просто погрохать, это бэкап.
И почему не стираются файлы от удалённых репозиториев и от прежних версий системы?
Это было бы не очень хорошо, мало ли что наудаляет. А советы, что делать со сторонними репами широко известны или быстро находятся.
P.S. У меня есть папка, где хранятся добавленные/модифицированные системные файлы с сохранением структуры каталогов: сравнением файлов легко понять, что делал. Усилий много не требуется, мы ведь не каждый день ковыряем fstab, добавляем/удаляем репозитории и т.д.