постоянно пропадает Руская фонетиеская раскладка
как быть?
Править xorg.conf, почти так, как написано постом выше, но - вместо winkeys вписать нужный вариант раскладки. Посмотреть, как он называется можно в файле ru из каталога /usr/share/X11/xkb/symbols. И, конечно, отключить все настройки раскладок в Вашем ДЕ.
неврубился, а какой именно нужный вариант можете сказать? ([ 7,question) Мне просто нужно чтобы переключалась раскладка по CTRL + SHIFT, а вместо вопроса была запятая, причем сейчас пишу все работает сменю раскладку и перестанет.. 
Нет, не могу - я же не знаю, какой вариант раскладки Вы предпочитаете! Для фонетической это будет phonetic, конечно.
Что касается переключения по ctrl+shift:
вместо строки
Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll"
должно быть так -
Option "XkbOptions" "grp:ctrl_shift_toggle"
(так не будет зажигаться лампочка scroll lock).
Относительно запятой на клавише 7 - быть может, Вам подойдет раскладка typewriter? Это выглядит _почти_ так -
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/ru/a/a9/Keyboard_layout_ru_(typewriter).gif ?
Можно просто прописать в вышеназванном конфиге, чтобы текущий вариант раскладки изменится только для этого конкретного случая.
ЗЫ - если не ошибаюсь, то иксовый вариант фонетической раскладки будет немного отличаться от того, который в венде, но это довольно легко исправить. И совершенно точно исковый typewriter отличается от вендового прямого слепка с одной из раскладок пишущей машинки, опять же, правится легко.