В результате он стал частью того, что отводился для самой ОС.
В первый раз /home был "частью того, что отводился для самой ОС." Хотя формулировка неточная. В хоуме также хранятся настройки програм. (Ctrl+H, чтобы увидеть "скрытые" каталоги.)
Переустанавливать систему было необязательно. В /etc/fstab прописано все, что монтируется при загрузке. Немного пошаманив, загрузившись с ЛайвСиДи, можно было это поправить.
В Линукс все представлено деревом каталогов, в котором что угодно монтируется куда угодно. Из того, что ты видишь в "файловой системе", /home физически находится на ext3 разделе, все остальное на reiserfs.
Главное, чтоб ты осознал, где накосячил. И немного теории тебе не помешает.

Успехов в освоении Линукс!