А попробуем вот как: в Винде ставим Firefox, он должен спросить - "Импортировать закладки?" (из IE импортирут точно, как с Maxthon - не знаю). В идеале получам "Огнелиса" с со всеми нашими закладками. Прикручиваем к Firefox'у дополнение Foxmarks, следуем инструкции. И на Убунтовском Firefox'е тоже Foxmarks ставим, синхронизируем. Таким образом можно одни и те-же закладки иметь на любом количестве компьютеров в любом месте (у меня на четырёх - два Ubuntu и один ХР дома, и на работе ХР).
P.S. - Если не получится с импортом, попробуйте перенести в Винде через HTML в Firefox, а потом Foxmarks'ом синхронизируйте с Ubuntu.