У меня было то же самое, когда я установил xgl. Тогда, правда были проблемы не только с раскладкой - не менялось расширение экрана и еще кое что. Карточка у меня ATI. Ковырял несколько дней, пока не догадался снести xgl.
Предполагаю, что ты тоже что-нибудь "хорошее" поставил.