Сертификат сам по себе - только ключ шифрования.
Скорее всего, он нужен для работы компонента ActiveX, который просто не будет работать под линукс.
Чистое IMHO.
P.S.
Еще может быть такое, что стандарт шифрования в сертификате не поддерживается в убунте (i.e. ГОСТовские стандарты электронных подписей).