Вы извращенец. То есть вам нужно не deb-src, а именно репы Генту? Разве это реально? все-таки Ubuntu основана на дебиане, а генту - это генту... Есть ощущение, что при переходе на emerge, накроется возможность работы с нормальными репозитариями. Также непонятки с зависимостями, если пакеты установлены разными способами. ИМХО нежизнеспособная система получится.