Не много добавлю
1. Чтение/запись: 644, 664, 666 - выставляются только для тех файлов, которые при работе скриптов должны и могут быть изменены. На примере файл конфигурации config.php и файл с сообщениями guest.dat.
2. Чтение/выполнение: 744, 754, 755 - выставляется для тех файлов, которые во время работы скрипта должны выполняться. Это php-файлы. На пример у меня это: файл admin.php, index.php.