Вот моя секция InputDevice:
Section "InputDevice"
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "us,ru"
Option "XkbVariant" ",winkeys"
Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll"
EndSection
Несмотря на alt_ в "XkbOptions" пишу я эти строки нажимая ctlr. Следовательно графическая утилита поменяла что-то где-то еще, что отвечает за смену раскладки, ведь по alt_shift раскладка не меняется, просто лампочка меняется. Также лампочка меняется если я мышкой переключу раскладку. Тут все нарыто гораздо глубже, но проблема на поверхности - маленькие программки делают свои маленькие дела, не оглядываясь на систему в целом.