nautilus (а может, и не только - не в курсе) умеет на основе расширенных аттрибутов эмулировать систему прав как в винде. Для этого надо доставить eiffel, вроде так называется.
поисковик beagle в эти атрибуты записывает метаданные о файлах, и потом ищет по ним.
больше не знаю применений