По моему мнению, как я заметил, там в обще по ходу дела даже разные компиляторы (не так как в Java - javac), т.е. если прога скомпилировалась в Линуксе не факт, что она скомпилится (с таким же кодом) в Win, но это опять таки все упирается( в библиотеки