Что выдает Windows при установке с диска, там есть возможность переразменить и переформатировать не дос разделы.
Ковырялся еще через диск с загрузкой системных файлов 98-ой винды, правда странная какая-то ntfs читала. Там можно fdisk запустить и удалить все партиции, после чего размечайте под винду и форматируйте.
А насчет опасности винды проблема надумана, ну хватал не раз и не два вирусы, восстановление системы из архива акрониса 10- 15 минут. Если подумать о разбиении диска на чисто системный и данные, да и не забывать архивировать. Притом относится не только к винде, но и к Linuxу, он под вуби у меня, после установок и удалений программ приходилось восстанавливать из архива, на порядок быстрее полных перестановок и настроек.