имхо, ОС не может влиять на включение компа..
не знаю, но ведь с другими операционками (виндами и линуксами) проблемы нет.
думаю, не может ли Ubuntu менять как-то настройки биоса, ведь есть такие программы.
может биос обновить? т.к. есть подозрение, что с ним что-то не в порядке: в биосе отключена сетевая загрузка, а при загрузке комп пробует ее на каждой сетевухе по несколько секунд.