да просто более вероятно файл имеется на диске больше 2Гб, поэтому пишет в udf - а оффтопик в этом слабоват....
Да, проблема в udf.
Но в данном случае проблема именно с mkisofs, точнее с genisoimage в Ubuntu 8.04.
Решаеся установкой более старой версии из репозитария Ubuntu 7.10.
У меня была такая же проблема с месяц назад полистал форум Ubuntu на английском, там много на эту тему написано.