Хм... штука в том что Ekiga использует свободный протокол H.323, а Skype этот протокол вроде не поддерживает и использует свой проприетарный, то есть закрытый протокол.
Так что, имхо, либо качать Skype, либо пересаживать друзей на open-source, то бишь на Ekiga