Была похожая проблема, попробуй поменять сервер с репозиторием, я поставил в "Источниках приложений" "Основной сервер" вместо того что было , обновил, и вроде полегчало. Альтернатива - выкачивать пакеты по одному, при сложных зависимостях это довольно муторно, зато лишнего трафика точно не накачаешь.