/usr/bin, скорее всего. Настройки - /home/username/.programma
Вы это. Не гоняйтесь за самыми распоследними версиями софта, ставьте всё из репов. За исключением тех случаев, когда в новых версиях есть какие-то фичи, без которых совсем никуда. Тогда программа правильно "встроится" в систему и будет нормально обновляться.