Очень странно. Сам занимаюсь разработкой сайтов, так что заливать и т.д. приходится каждый день. Пока что проблем не испытал вовсе...
Ну не знаю... Файлы в основном создают в кодировке win1251 а в Линуксе используется другая. Возможно Вы сразу настроили свою программу.
Попробуйте использовать аддоны FTP к ФФ, говорят что отлично работают. Сам не пробовал. Так что "ОЙ".
Если не найду быстрого решения, прийдется искать горячие клавиши.
Элементарная задача: скачать со своего фтп и закачать туда. Читаю несколько часов форум, поставил уже все менеджеры которые возможно через Установка/Удаление. Не думал, что такая простая задача в Линуксе так сложна для решения

Вдвойне обидно, что твердо решил оставаться на Линуксе (даже винду стер). Уже месяц без проблем работаю из под Ubuntu.