Ничего нового не скажу, но у меня та же самая фигня с SATA диском. В системе два диска - сказишный Cheetah 15K.3 и SATA ST3400620AS:
Model=ST3400620AS , FwRev=3.AAK , SerialNo= 6QG2SLF3
Config={ HardSect NotMFM HdSw>15uSec Fixed DTR>10Mbs RotSpdTol>.5% }
RawCHS=16383/16/63, TrkSize=0, SectSize=0, ECCbytes=4
BuffType=unknown, BuffSize=16384kB, MaxMultSect=16, MultSect=?1?
CurCHS=16383/16/63, CurSects=16514064, LBA=yes, LBAsects=781422768
IORDY=on/off, tPIO={min:120,w/IORDY:120}, tDMA={min:120,rec:120}
PIO modes: pio0 pio1 pio2 pio3 pio4
DMA modes: mdma0 mdma1 mdma2
UDMA modes: udma0 udma1 udma2 udma3 udma4 udma5 *udma6
AdvancedPM=no WriteCache=enabled
Drive conforms to: Unspecified: ATA/ATAPI-1,2,3,4,5,6,7
* signifies the current active mode
Файловая система на нем JFS case insensitive. На Чите тоже JFS case insensitive, но с Читой проблем нет. А вот саташник, например, при завершении перекачки амулем фильма устраивает 15-минутные запилы, во время которых невозможно даже залогиниться в терминале по Ctrl-Alt-F1 - логин таймаутится. Так что дело точно не в файловой системе.