Ещё раз, далее идёт мега-ИМХО!!!
Проблема не в настройках hdparm. Сколько пользуюсь Linuxом ни разу не видел, чтобы с помощью hdparm значительно ускоряли работу винчестеров. Вообще, hdparm подкручивает, как подсистемы ядра общаются с жёсткими дисками.
По твоим данным (Кстати, как они получены? Синтетическим тестом? На каком объёме данных и вообще при каких параметрах? А под Linuxом?) у тебя разница между двумя системами: (1) Windows + специально под неё написанные драйвера под RAID (1a) + родная файловая система (1б) + винты супротив (2) Linux + Device Mapper (2a) + Поддержка для NTFS (2б) + винты составляет 4 (!) раза. Так вот, ещё раз, я полагаю что только комбинация факторов 1а+1б супротив 2а+2б может дать подобную разницу, притом что скорость записи в Linux на разделы, отформатированные в NTFS, обычно ниже, чем скорость записи на родные разделы, что есть известный факт.