чего именно вы хотите добиться? вижу как минимум несколько схем:
1. имеющаяся дисковая система перераспределяется так, чтобы сделать RAID0 (объединить объёмы), на получившемся месте создаётся один раздел, в котором живёт ОС, домашняя директория, бинарники, настройки, данные и прочее. особенности - общее место, то есть его в принципе будет больше, но когда оно кончится, ОС перестанет корректно работать, возможна любая задница. можно настраивать квоты, но зачем?
2. на новом винте создаётся новый раздел, всё монтируется куда-нибудь в существующее файловое дерево, например в /var/ftp, и на эту директорию натравливается фтп-демон, в ней же создаются директории pub и upload. особенность: общий терабайт на пуб и аплоад, если вы много зальёте в пуб, нельзя будет аплоадить.
3. на новом винте создаются два раздела, они монтируются в /var/ftp/pub и /var/ftp/upload, и на них натравливается фтп-демон. особенность: статическое разделение места между директориями. можно двигать, впрочем, но только админу.