Может вот так попробовать:
Option "XkbLayout" "us,ru(winkeys),ua(winkeys)"
Option "XkbVariant" ",winkeys,winkeys"
Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle,grp_led"
Или (не уверен, что сработает) попробовать прописать переключение между двумя языками (к примеру us и ru) одной комбинацией и индикатором, между дугой парой (us, ua) - другой раскладкой и индикатором, ну и третий вариант.
З.Ы. Не забудь сделать бекап xorg.conf