Можно использовать mingw32
$ apt-get install mingw32 mingw32-binutils mingw32-runtime
Компилировать не g++, а i586-mingw32msvc-g++
Я так FFmpeg собираю.
Есть некоторые ограничения: не получится сделать ActiveX компонент, не получится использовать MFC, и gcc может не скомпилировать какой-то код, компилируемый в VisualStudio, т.к. в MSVC свой стандарт языка, не совместимый с С89.
В Эклипсе надо указать соответствующую Build Chain или написать свой Makefile.