У меня в трее только - deluge, sonata, pidgin. Соната обычно на рабочем столе (3-ем), т.к. часто меняю плейлист, deluge на 4-ом, тоже останавливаю/пускаю заново закачки довольно часто (т.к. одновременно качать и сидеть в инете нету возможности из-за небольшой скорости), да и нечасто что-то качаю, ну и пиджин на 3-ем (с сонатой), оповещения о новых сообщениях в трее мне не особо нужно (каждое сообщение и так открывается в новом окне). Еще на панели нету списка окон - привычка каждый рабочий стол (собсно 1-ый и 2-ой) использовать под определенные задачи (ну а терминал открывать на любом т.к. в нем я работаю только по неоходимости). Отказываться от стандартной панели или менять на что-то более "легкое" не особо хочется :)
Большое количество окон на одном рабочем столе держать (чтоб при возможности не нужное свернуть в трей) - нету (разрешение маленькое)
Поэтому если приходится работать в винде у меня начинается "паника". я пытаюсь по-привычке распихивать окна по столам, которых нету (поставить litestep или вирт столы нету возможности ибо за чужими компами сижу не часто))