Насколько я понял, тебе нужно, чтобы в меню "Приложения" в нужном разделе (например, в "Образовательные") появилась ссылка на твою программу с правильной иконкой. Если дело в этом, тогда нужно создать файл, например, Stellarium.desktop с приблизительно таким содержанием (по минимуму):
[Desktop Entry]
Name=Stellarium
Comment=здесь описание программы
Icon=stellarium
Exec=stellarium
Type=Application
Categories=Education;Science;
и кинуть этот файл в /usr/local/share/applications.
При этом файл с иконкой (stellarium.png) должен находиться в папочке /usr/local/share/icons или в /usr/local/share/pixmaps.
А лучше добавить файл и иконку на стадии сборки deb пакета.