Добавлю: для того, чтобы закрыть доступ к папке (в Вашем случае - /var/www/engine) достаточно в этой папке создать .htaccess, в котором будет одна строка:
Deny from all
(предполагается, что у Вас есть AllowOverride All в apache2.conf
Опять же, проверьте синтаксис - знак = не нужен).
Кстати, этим Вы проверите заодно, читается ли Ваш .htaccess.