Я бы ext3 сделал. По-моему, драйвер ext под Windows должен быть более отработанным - спецификаци etx3 ведь открытые, в отличие от ntfs. Я, например, раньше спокойно с Windows Vista x64 залезал на ext3.
У ntfs3g есть проблема: при копировании большого объёма на ntfs скорость может начать падать и под конец может упасть почти до нуля. Особенно, если раздел, куда всё копируется, на HDD под ntfs уже заполнен почти под завязку.
Сам являюсь обладателем 750Гб харда под ntfs (остальные все пятисотки и я их уже перевёл на ext3) и всё никак не куплю новый хард на 750, чтобы это всё дело поправить.