Какой ужас.
Nxx, вот почему, интересно, у меня nvidia-settings сохраняет режимы, которые я выбираю, а у тебя - нет...
Может, ты его без sudo (или gksu) запускаешь? А может, просто не нажимаешь кнопку "Save to X Configuration File", чтобы изменения сохранились?
И почему ты, задавая вопрос про разрешение/частоты сразу не показываешь xorg.conf или лог?
Почему?... Чтобы побольше страниц было в теме, что ли?