/etc/fstab не входит в то что необходимо синхронизировать, раздел boot тоже, для установки всех программ составляю список установленых программ, который тоже хранится на удаленной машине. Я предложил способ и не говорил что он идеальный. По моему он просто займет меньше времени. Он не чуть не лучше tar | gzip и подобных. Еще существует специальные проекты, например clonezilla (там множество режимов работы, от резервирования рзделов до образов всей системы). Для меня просто метод с rsync самый простой, так при выходе основного сервера из строя имеется (практически такой-же), которым можно заменить тут-же существующий (при легкой манипуляции, считайте перезагрузкой).