/boot/grub у каждой системы будет свой, при установке альт не полезет в корень Ubuntu наводить свои порядки. Просто изменит в MBR запись, котоорая указывает, с чего грузиться в 1 очередь (может, невнятно объясняю, но так примерно). Раз Альт будет установлен последним, у него в меню.лст будут прописаны все имеющиеся на компе ОСи. Если есть Windows - запустится сразу. Ubuntu - будет перенаправление на его ГРУБ.
А menu.lst приводить, действительно, надо в таких вопросах.