Я не телепат, но, может, так?
gnome-terminal /path/script_file
т.е, чтобы запускать сервер с консолью при старте, надо писать скрипт, который будет запускать скрипт в терминале?
А чем вам sessions не угодили? Нормальное решение задачи
во-первых, хочется выяснить, каким образом предусмотрена автозагрузка в linux, без привязки к gui
а во вторых, что-то в sessions параметров никаких нет.
как, например, запустить прогу не на первом десктопе, а на втором, и т п