Тупо скрипт архивации всего, не самый лучший но самый простой вариант
#!/bin/bash
tar zcvpf /backup-`date '+%d-%b-%Y'`.tar.gz / --exclude=/proc/* --exclude=/dev/* --exclude=/sys/* --exclude=/tmp/* \
--exclude=/backup* --exclude=/var/cache/apt/archives/*.deb \
echo "done!"
Если только настроек, то архив делай только папки /etc