Скрипты (а кстати, что за скрипты? На bash'e или perl'e?) традиционно не предназначены для написания кода, который вы хотите скрыть от пользователя. Всегда найдется человек, которому будет не лень разбираться в том, что вы там понаписали. Поэтому, как уже сказал ArcFi - пишите на компилируемом ЯП, вместо интерпретируемого.
Вышесказанное относится к тому случаю, если вы собираетесь распространять свою программу.