Не знаю, может немного не в тему. Но такие глюки обычно бывают не столько из-за "испорченности" тех или иных настроек в прогах, сколько из-за тривиально не проставленного ip tcp adjust-mss в конфиге входящего от локалки интерфейса. В линуксе с таким не сталкивался, а вот с Cisco такое сплошь и рядом. Симптоматика именно такая - некоторые сайты открываются, но большинство - нет. Лечится достаточно просто. На интерфейсе, смотрящем в локальную сеть проставляется ip tcp adjust-mss 1300. В Линуксе наверняка такие же настройки есть...