На данный момент имеется файловый сервер с отказоустойчивым raid 5 массивом под управлением 2003server.
На самом деле вопрос гораздо шире чем кажется. Мне по личному опыту знакомо подобное пользовательское раздолбайство, потому могу дать если не совет, то рекомендацию.
Прозвучит жестоко, но работает безотказно. Террор и репрессии. Тяжёлая кувалда порядка и дисциплины. Ежовые рукавицы дисциплины и ответственности.
1. Введение жёсткой политики управления составом и расположением хранимых файлов.
2. Введение жёсткой политики наказания за нарушение п.1.
3. Релизация п.2 путём сноса хлама и тыкания в п.1 вопящих пользователей.
4. Отказ от бардака с документами на сервере. Не дело это хранить данные в отдельных файликах. Это допустимо в конторке на 5 человек образца 19забытого года, но сейчас, при наличии кучи средств коллективной работы это просто глупо.
Так или иначе, заданный Вами вопрос в значительной степени не технический, но организационный. Замечу, что без поддержки со стороны руководства конторы, попытки сделать как я сказал по Вашей собственной инициативе ничего, кроме долбления Вас по башке не дадут. Когда определитеь с организационной частью, поймёте какие технические средства для этого будут нужны.