Давно и успешно юзаю GTK и QT-ный софт. Вот прям сейчас у меня под гномом kaffeine запущен.
Мне кажется. чтобы от тормозов избавиться, нужно в первую очередь почистить автозапуск - отключить все, что не нужно.
Если же критична чистота системы, может следует посмотреть в сторону gnome commander (правда, не знаю, в каком он сейчас состоянии - давно не пробовал, вообще не пользуюсь подобными вещами, ибо мне наутилуса чуть-чуть заточенного хватает)
Как вариант еще - поискать еще софт под GTK (через синаптик или консоль) по ключевому слову commander - может, еще что найдешь.
А однозначного ответа, думаю, не получишь. На тему чистоты системы (чисто GTK или QT, либо оба вместе) уже много копий сломано, в т.ч. и на этом форуме