Запускать nautilus с правами рута - некошерно. Можно забыть, что он рутовый, и запороть какие-нибудь файлы, нечаянно поменяв хозяина этих файлов на рута, и огребя косяки. Права рута надо применять дозированно (sudo команда), осознавая, что делаешь и зачем.