Вот это я подтверждаю. В Ubuntu 8.10 новые mime, menu, и *.desktop файлы подхватывались сразу, а в 9.04 при следующем входе и еще иногда случается (например, при запуске редактора меню).
Возможно это сделано для оптимизации. Вообщем слишком мелкий баг, мне лень его постить. Есть и посерьёзнее.