1. Реестра нет, соответственно оптимиизировать нечего.
2. В 9.10 появилась программа "Очистка системы" удаляющая ненужные пакеты. Также можно открыть наутилус, нажать Ctrl+H и удалить конфиги более не используемых программ. Хотя они ни сколько не мешают.
3. В дефрагментации нет необходимости.