Я боюсь показаться сумасшедшим, но все файлы появились. Причем на этот раз пропали файлы, которые были созданы после падения системы. Кажется, я сошел с ума. Я просто не представляю, как такое может быть. Учетная запись точно одна - как поставил Ubuntu, так ничего не трогал в этом направлении.
А насчет сбасывании кэша - это вряд ли. У меня система стоит на внешнем винчестере и я в ней работаю и дома и на работе. Так что минимум по 2 раза в день я загружаюсь заново. В пользу того, что я точно работал в одной учетной записи говорит еще и то, что некоторые файлы на рабочем столе оставались и после падения системы - это все старые файлы, которые я давно не трогал. Новых же не было. Это 100%.