Вообще-то, в линуксе целых два буффера обмена "искаропки" - один "линуксовый" (выделил - вставил средней кнопкой), другой - "виндовый" (Ctrl+C - Ctrl+V). Первый, собственно, не копирует куда-то там в памяти выделенный текст, а производит процедуру копирования непосредственно при нажатии средней кнопки, а второй запоминает текст в памяти, и после закрытия программы, из которой он был скопирован, успешно вставляется куда надо. Более того, они достаточно независимы, т.е. можно скопировать текст через Ctrl+C, выделить другой текст, вставить второй текст по средней кнопке мыши, вставить первый текст по Ctrl+V. Конечно, выделение текста для Ctrl+C "затрёт" "линуксовый" буффер. Но зная описанные особенности, легко пользоваться буфферами так, как требуется.