exFAT (кстати, он разрабатывался специально для мобильных накопителей) для флешек несомненно лучше FAT'a как минимум отсутствием ограничения на размер и несомненно лучше NTFS'a безглючностью. У меня основная флешка - Corsair 8 Gb, при использовании NTFS скорость ведет себя очень странно, копирование часто останавливается на 99% где-то на минуту, да и безопасное извлечение при NTFS критично, без него частенько последний записанный файл не читается, если выдернуть даже при уже погасшем индикаторе на флешке. Ничего этого нет у exFAT, к тому же exFAT еще и быстрее.