Все обновления в Ubuntu это deb пакеты. При обновлении системы, установки дополнительных кодеков, установки драйверов и т.д. все эти пакеты скачиваются с интернета (с репозиториев), устанавливаются в системе и остаются храниться там где у вас ничего нет.
Это значит, что вы сами их оттуда удалили. Либо Ваша Ubuntu была уже установлена изначально со всем этим софтом.
Если это не второй случай, то пожалуй вам необходимо будет ручками скачивать всё, что вам нужно.
Правда есть один вариант, но он исключает драйвера видео.
Можно установить Virtual Box и туда установить такую же Ubuntu, обновить её через интернет поставить кодеки, а потом всё что будет в папке "где у вас ничего нет" скопировать и создать локальный репозиторий, для последующего переноса его на другой комп.
Насчет драйверов видео, трудно сказать, самое простое если у вас Nvidia карта, для установки драйвера достаточно будет скачать с интернета несколько пакетов и установить.