нормальное явление для третьей версии.
спроси в терминале whereis vuze, вычисти его ручками.
потом скачай с сайта новую версию,
не знаю как сейчас, а когда я качала, там дебов не было, был архив, но не с исходниками, а с готовой к запуску версией.
если есть деб, то все понятно.
если есть только архив, то качаешь его, она уже готова к запуску (см. readme, там надо распаковать архив и то ли перименовать папку vuze в azureus, то ли наоборот, уже не помню)
сунь ее куда-нибудь типа ~/bin/azureus
сделай в меню линк на azureus2.jar и радуйся.
она прекрасно работает и чудесно обновляется.
(зы, сунешь в /usr/bin или еще куда, обновляться будет только через sudo)