Все вроде правильно делает,
Вот такая штука должна работать:
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin admin@domain.ru
DocumentRoot /home/user/public_html
ServerName domain.ru
ServerAlias www.domain.ru
<Directory /home/user/public_html>
Options -Indexes -FollowSymLinks -MultiViews
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
</VirtualHost>
Нигде случаем не дублируется конфиг ?