Вероятней всего, в драйверах видеокарты проблема. Их тоже надо ставить под новое ядро. В детали не вникал, но они как-то с ним взаимодействуют.
У меня есть положительный опыт использования kernelcheck - он сам все скачал, скомпилировал, запаковал, вдобавок, еще и nvidia-drivers.