Причин проблемы может быть несколько:
1) если ваш телефон не поддерживает большие объёмы флэш-памяти, то по мере заполнения флэшки всякой всячиной он начнёт тормозить,
2)на телефоне есть вирус...
3)Вы случайно вытащили флэшку, не размонтировав устройство,
4)флэшка имеет фабричный брак, а потому и "крякнулась" через три дня.
В последних двух случаях лучше купить новую microSD.
По поводу папки .Trash, это папка есть не что иное, как корзина. Если хотите удалить файлы с флэшки полностью, то без боязни удаляйте эту папку. В противном случае удаленные файлы останутся на флэшке и будут занимать драгоценные мегабайты памяти.