По системным папкам. Все конфигурационные файлы, в которых можно так или иначе что-то "подсмотреть" (например, пароли MySQL, LDAP и т.п.), обычному пользователю недоступны по чтению (во всяком случае, если ничего в системе не "портили"). Все файлы, что пользователь может запустить/прочесть - вполне безопасны.