Для запуска php в cron нужно, чтобы php выполнялись не только на сервере, но и как терминальный скрипт. Для этого надо установить нужный пакет.
Какой, на память не точно помню. Кажется php.cgi, но могу ошибаться.
Поиск на форуме работает неплохо.
Как работать с cron в разделе хауту море информации. Там есть прикольная штучка на базе крона (кукушка или cdrom кукушка).