MHDD, как оказалось, не работает с матплатами Intel, т.к. они блокируют некоторые порты. ЗАпускал MHDD разных версий и всё равно мой жесткий диск она не видит, причём из под винды. Так, что MHDD не подходящий для меня вариант.
Проверял Norton Disk Doktor'ом последней версии, ошибок в разделе в котором стоит Ubuntu он не обнаружил.
Файловая система действительно NTFS - т.к. она самая удобная и лучшая.
В Windowsх работа у меня всегда корректно завершается. Такая хрень, чаще всего происходит при включении компа после выключения компа из Ubuntu, а не через винду.
Это у меня началось после неудачной попытки обновить дистрибутив, которая сбила мне видеодрайвер и ещё какие-то пакеты. В результате у меня и новый дистрибутив полностью не встал и старый полностью не обновился - сейчас стоит что-то среднее между старым и новым. Через одну две перезагрузки Ubuntu загружается, но это меня уже просто бесит.